Rundę jesienną sezonu 2003/2004 także spędził w Parmie, a na wiosnę trafił na wypożyczenie do Sieny, której pomógł w uniknięciu degradacji do Serie B.
Latem 2004 Júnior wrócił do Brazylii i został piłkarzem São Paulo FC. Zajął z tym klubem 3. miejsce w lidze, a w 2005 roku wywalczył mistrzostwo stanu São Paulo, a także swój drugi w karierze Copa Libertadores (wystąpił w finałowych spotkaniach przeciwko Athletico Paranaense). Natomiast w 2006 roku po raz pierwszy w karierze świętował tytuł mistrza Brazylii. W 2009 roku przeszedł do Clube Atlético Mineiro, a w 2010 roku został piłkarzem Goiás EC, w którym w tym samym roku zakończył karierę.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1994 Vitória Salvador
Série A 1 0 1995 Vitória Salvador
Série A 16 0 1996 SE Palmeiras
Série A 24 0 1997 SE Palmeiras
Série A 30 1 1998 SE Palmeiras
Série A 24 1 1999 SE Palmeiras
Série A 20 1 2000/01 AC Parma
Serie A 19 3 2001/02 AC Parma
Serie A 28 0 2002/03 AC Parma
Serie A 27 0 2003/04 AC Parma
Serie A 14 0 2003/04 AC Siena
Serie A 12 0 2004 São Paulo FC
Série A 13 1 2005 São Paulo FC
Série A 28 1 2006 São Paulo FC
Série A 25 2 2007 São Paulo FC
Série A 16 0 2008 São Paulo FC
Série A 7 0 2009 Atlético Mineiro
Série A 19 3 2010