Pod koniec życia arcybiskup Mikołaj miał do pomocy 34 kapłanów, 8 diakonów, 116 katechetów. Arcybiskupstwo posiadało 175 cerkwi i domów modlitwy należących do 226 parafii. Liczba wiernych przekroczyła 30 tysięcy.
Po śmierci arcybiskupa Mikołaja w 1912 jego następcą został biskup Sergiusz (Tichomirow) – późniejszy metropolita japoński. Ustawa rządu japońskiego z 1939 ograniczyła działalność misji. Zakładała ona, że główne stanowiska w Kościele muszą być piastowane przez Japończyków. Metropolita Sergiusz złożył urząd i przez dwa lata Kościołem zarządzał protoprezbiter Arseniusz Iwasawa. W I połowie XX wieku liczba wiernych osiągnęła 90 tys..
W 1941 rodowity Japończyk, Jan Ono, złożył śluby zakonne z imieniem Mikołaj. Następnie został podniesiony do godności metropolity. Po zajęciu Japonii w 1946 przez USA wystosował list do patriarchy Aleksego z prośbą o ponowne włączenie pod jurysdykcję Kościoła macierzystego. Władze amerykańskie nie zezwoliły przedstawicielom patriarchy na wjazd do Japonii w celu kanonicznego uregulowania stosunków kościelnych. Wobec powyższego podporządkowano parafie Kościołowi Prawosławnemu w Ameryce – metropolicie Teofilowi. Biskup Mikołaj przeszedł w stan spoczynku. Zarządzanie przejął przybyły z Pittsburgha w styczniu 1947 biskup Beniamin (Basałyga). Doprowadziło to do podziału Kościoła.