Przez 2 lata gry w Brescii wystąpił w 60 spotkaniach i strzelił 3 gole.
W lipcu 2004 po Matuzalema zgłosił się ukraiński Szachtar Donieck, a prezydent klubu Rinat Achmetow zdecydował się zapłacić za Brazylijczyka 14 milionów euro, co uczyniło go najdroższym piłkarzem ligi ukraińskiej. W sezonie 2004/2005 wystąpił w fazie grupowej Ligi Mistrzów (zdobył 2 gole) oraz wywalczył mistrzostwo Ukrainy. Sukces ten powtórzył także w sezonie 2005/2006. W sezonie 2006/2007 po raz kolejny wziął udział w fazie grupowej Ligi Mistrzów, a następnie z Szachtarem zagrał w Pucharze UEFA docierając do 1/8 finału. Szachtar okazał się w dwumeczu gorszy od Sevilli, ale Matuzalem zasłynął golem w drugim spotkaniu (2:3), gdy strzałem piętą pokonał Andrésa Palopa. W 2007 roku wywalczył z Szachtarem wicemistrzostwo kraju, a po odejściu Anatolija Tymoszczuka został kapitanem drużyny.
Latem 2007 za 12 milionów euro Matuzalem przeniósł się do hiszpańskiego Realu Saragossa, w którym zadebiutował 26 sierpnia 2007 w przegranym 1:2 wyjazdowym spotkaniu z Realem Murcia. W 2008 roku został wypożyczony do S.S. Lazio i zagrał w nim po raz pierwszy 31 sierpnia w meczu przeciwko Cagliari Calcio (4:1).