W latach 1994–2016 był Dyrektorem Collaborating Center Światowej Organizacji Zdrowia (WHO) w Warszawie.
W 2016 roku został Dyrektorem Instytutu-Europejskie Obserwatorium Nierówności Zdrowotnych Akademii Kaliskiej im. Prezydenta Stanisława Wojciechowskiego (od 1 października 2023 roku przekształconej decyzją Sejmu w Uniwersytet Kaliski).
Profesor Witold Zatoński jest badaczem koncentrującym swoje zainteresowania nad zdrowotnymi następstwami palenia tytoniu. Jest jednym z najważniejszych badaczy w tym zakresie w Polsce i na świecie. Było to powodem powierzenia mu roli Pełnomocnika Współprzewodniczącego Narodowego Programu Ograniczenia Zdrowotnych Następstw Palenia. Minister Zdrowia powierzył mu w latach 1988–2010 rolę Pełnomocnika Ministra Zdrowia, Wiceprzewodniczącego Narodowego Programu Walki z Rakiem. Jego pozycja ekspercka była przyczyną, że wicepremier Rady Ministrów, minister finansów prof. Leszek Balcerowicz powołał go w latach 1999–2000 na swojego doradcę – członka Gabinetu Politycznego. Profesor Zatoński w latach 1996–2004 pełnił funkcję Doradcy ds. Zdrowia Publicznego kolejnych premierów Rządu Rzeczpospolitej Polskiej, m.in. Premiera Włodzimierza Cimoszewicza.