Mimo iż rząd Sri Lanki zachował większość udziałów w liniach lotniczych to dał pełną kontrolę na wszystkie inwestycje i decyzje liniom Emirates. W 1998 została zmieniona nazwa z Air Lanka na SriLankan Airlines.
W tym okresie przewoźnik nabył sześć samolotów Airbus A330-200 w celu odnowienia i uzupełnienia swojej floty, w której były modele Airbusa A320-200 oraz A340-300. Samoloty te dotarły do przewoźnika na przełomie 1999 i 2000. W tym czasie przybył również czwarty samolot Airbus A340-300, w nowych barwach linii lotniczych. Nastąpiły również przebudowania i remonty wnętrz samolotów, zapewniając większy komfort podróży zarówno w klasie biznes, jak i w ekonomicznej.
W następnych latach linie lotnicze SriLankan borykały się z wieloma problemami. M. in. epidemia SARS, trzęsienie ziemi i fala tsunami w 2004 czy wojna domowa w Sri Lance lub atak terrorystyczny na lotnisku w Colombo, który zniszczył 4 samoloty, a pozostałe dwa uszkodził.