Lata 1939–1941 W kampanii wrześniowej brał udział jedynie jako obserwator przy sztabie Dywizji Pancernej „Kempf”. Hausser, mianowany właśnie gruppenführerem SS został dowódcą pierwszej kompletnej dywizji Waffen-SS, wystawionej 10 października 1939, którą dowodził podczas podboju Holandii, Belgii i Francji, docierając aż do granicy hiszpańskiej. Widząc sukcesy odnoszone przez Waffen-SS w kampanii francuskiej, Hitler zezwolił na wystawienie nowych dywizji. Ich rdzeń stanowiła dywizja Haussera zwana początkowo dywizją „Deutschland”, od początku 1941 – dywizją SS „Das Reich”, a później 2 Dywizją Pancerną SS „Das Reich”. W kwietniu 1941 dywizja uczestniczyła w podboju Jugosławii. Następnie, w ramach koncentracji do operacji „Barbarossa” została przeniesiona do Polski.
Operacja Barbarossa Po agresji na ZSRR dywizja Haussera uczestniczyła w bitwach na obszarze operacyjnym Grupy Armii Środek (Mitte). W jednej z bitew Paul Hausser został ciężko ranny w twarz i stracił prawe oko. Przetransportowano go do Niemiec, a kuracja trwała wiele miesięcy.