Latem 2004 Hübschman za 3 miliony euro przeszedł do ukraińskiego Szachtara Donieck. W drużynie Mircei Lucescu także wywalczył miejsce w pierwszej jedenastce i już w 2005 roku sięgnął po swój pierwszy tytuł mistrza Ukrainy. W 2006 roku także został mistrzem kraju, ale nie grał we wszystkich meczach z powodu kontuzji. W 2007 roku Szachtar został wicemistrzem, a do tego przegrał finał Pucharu Ukrainy z Dynamem Kijów. W czerwcu 2014 po wygaśnięciu kontraktu opuścił ukraiński klubХюбшман покидает Шахтер, с Эдуардо проведут переговоры - UA-Футбол. Został wówczas zawodnikiem FK Jablonec.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1999/00 FK Svit Zlín
2. liga 6 0 2000/01 FK Jablonec 97
1. Gambrinus liga 29 0 2001/02 Sparta Praga
1. Gambrinus liga 27 0 2002/03 Sparta Praga
1. Gambrinus liga 29 0 2003/04 Sparta Praga
1.