Po powstaniu styczniowym wraz z bratem znalazł się w służbie tureckiej. W lutym 1866 r. wyjechał do Turcji, gdzie w listopadzie zdał colloquium przed specjalną komisją lekarską Armii Tureckiej i otrzymał przydział do garnizonu w Bagdadzie. W 1867 r. wyjechał do Iraku, gdzie został komendantem szpitala w Kirkuku. W tym samym roku został przeniesiony do Diwanii, a w 1868 r. – do Mosulu. W 1870 r. osiadł na stałe w Bagdadzie.
Wraz z bratem odbył wiele podróży po Mezopotamii, zwiedzając ruiny Babilonu, a także Karbalę, jedno ze świętych miast szyitów. Zgromadził wielki zielnik, systematycznie uzupełniany w kolejnych miejscach służby. Uwagi etnograficzne zamieścił zaś w pamiętniku (około 6000 stron), który do tej pory nie został wydany w całości. Fragmenty zostały opublikowane w 1967 r. w opracowaniu Józefa Fijałka pt. Pamiętniki z lat 1851–1893 (Wrocław 1967).
W 1875 r. porzucił służbę wojskową i zajął się urządzaniem balneologicznego zakładu leczniczego w Bursie. Po wybuchu wojny rosyjsko-tureckiej (1877) wstąpił ponownie do służby wojskowej i przebywał w Armenii oraz na wybrzeżu anatolijskim Bosforu. Po zawarciu pokoju został przeniesiony do Albanii, gdzie w 1880 r. położył wielkie zasługi przy likwidacji epidemii cholery.