Po soborze w Chalcedonie w 451 r. w Kościele egipskim, podobnie jak w pozostałych patriarchatach Wschodu, nastąpił rozłam. Ówczesny patriarcha aleksandryjski Dioskur odrzucił wyznanie wiary uznające istnienie dwóch natur Jezusa Chrystusa, opowiadając się za monofizytyzmem. Swego patriarchę poparła przeważająca większość wiernych Egiptu. Jego zwolennicy nazwali się „prawowiernymi” (gr. orthodoxos, co akurat w tym przypadku nie znaczy, jak zazwyczaj, „prawosławni”), natomiast przeciwnicy – melchitami (aram.-gr. melchitoi „ludzie króla”), a później „katolikami” (gr. katholikos „powszechny”). Początkowo, mimo rozłamu wśród wiernych i hierarchii, nie pojawiła się druga linia patriarchów aleksandryjskich – patriarchowie pozostali głową zarówno jednego, jak i drugiego odłamu kościoła egipskiego, usiłując godzić zwaśnione strony. Godność tę sprawowali zarówno Koptowie, jak i melchici, coraz częściej zdarzało się jednak, że panowało dwóch patriarchów jednocześnie – koptyjski i melchicki. W następnych wiekach rozdział obu kościołów koptyjskich stał się ściślejszy – obie strony definitywnie uznały się nawzajem za heretyków i wzajemnie się zwalczały, wykorzystując jako instrument tych sporów Arabów, panujących w Egipcie od połowy VII wieku.