Według jego własnych wspomnień, Schellenberg w roku 1942 zorientował się, że Niemcy nie wygrają wojny i usiłował nakłonić szefa SS – Heinricha Himmlera do rokowań pokojowych z aliantami zachodnimi – rokowań prowadzonych za pośrednictwem przedstawicieli Czerwonego Krzyża (szwedzki hrabia Folke Bernadotte) i bez wiedzy ZSRR. Schellenbergowi udało się nakłonić Himmlera do podjęcia rokowań w tajemnicy przed Hitlerem przed samym zakończeniem wojny. Jednak alianci zachodni odrzucili ofertę zawarcia separatystycznego pokoju na Zachodzie, a Hitler 28 kwietnia 1945 (na dwa dni przed samobójczą śmiercią) roku dowiedział się o sprawie z zachodnich mediów i zdegradował Himmlera, na jego miejsce mianując Karla Hanke.
Trybunał norymberski uznał Schellenberga za winnego przynależności do SS i służby bezpieczeństwa SD. Obie te organizacje zostały uznane za zbrodnicze. W 1949 roku został skazany na 6 lat więzienia, wyszedł na wolność w czerwcu 1951 roku. Zmarł w Turynie (Włochy) w marcu 1952 roku.