W czasie okupacji hitlerowskiej Cousteau działał we francuskim ruchu oporu, za co po wojnie otrzymał Legię Honorową. Również w czasie wojny zrealizował swój pierwszy podwodny film, a także, wespół z inżynierem Emilem Gagnanem, zbudował swój pierwszy akwalung – aparat do nurkowania. Po wojnie opracowywał techniki usuwania min morskich i zajmował się badaniem morskich wraków.
W 1950 został prezesem towarzystwa oceanograficznego i otrzymał z demobilu od irlandzkiego milionera Thomasa Guinessa (Thomas Loel Evelyn Bulkeley Guinness), za jednego franka rocznie (pod warunkiem zachowania tego w tajemnicy i nie żądania więcej jakichkolwiek pieniędzy), stary 400-tonowy poławiacz min "Calypso”, który po przeróbkach zaprojektowanych przez Cousteau stał się pływającym laboratorium i studiem telewizyjnym z wyposażeniem do zdjęć podwodnych oraz jednym z najsłynniejszych statków w dziejach.
W latach 1952–1953 Cousteau poprowadził „Calypso” na Morze Czerwone na pierwszą ze swych wypraw badawczych. Przywiózł z niej swój pierwszy podwodny film barwny, zrealizowany na głębokości 45 m.