Ostmarku.
W czasie kampanii wrześniowej dowodził 4 Flotą Powietrzną, która 25 września 1939 roku dokonała dywanowego nalotu na oblężoną Warszawę, zgodnie z opracowaną przez Löhra koncepcją, by bombowce kierować na centra administracyjne wroga. W 11-godzinnym nalocie zginęło 10 000 ludzi. 4 Flotą Powietrzną dowodził do 1 lipca 1942 roku.
6 i 7 kwietnia 1941 4 Flota Powietrzna Luftwaffe pod dowództwem gen. Löhra dokonała zmasowanych nalotów na Belgrad, w których zginęło – wg różnych danych – od 2 000 do 10 000 osób. Atak nastąpił z zaskoczenia i miał na celu zdezorganizowanie obrony, złamanie oporu i sterroryzowanie ludności cywilnej.
Od 1 stycznia 1943 do maja 1945 dowodził Grupą Armii E, która była odpowiedzialna za mordowanie oraz greckich i jugosłowiańskich cywilów, zabijanych w odwecie za działania partyzantów. Wojska Löhra są także odpowiedzialne za deportacje ok. 50 tys. greckich Żydów do obozów zagłady.
Wzięty do niewoli przez oddziały angielskie w Austrii w maju 1945, został przekazany i uwięziony w Jugosławii, gdzie przeprowadzono proces (5–16 lutego 1947), w trakcie którego uznano go winnym zbrodni wojennych i skazano na śmierć przez rozstrzelanie. Wyrok wykonano 26 lutego 1947 roku w Belgradzie.