W 1933 roku, po dojściu do władzy narodowych socjalistów, na klinice Morella umieszczono graffiti z napisem „JUDE” („ŻYD”). Aby rozwiać wątpliwości co do swojego pochodzenia, Morell wstąpił do NSDAP, a w 1935 przeniósł gabinet na Kurfürstendamm 216, specjalizując się w leczeniu chorób wenerycznych. Jeszcze przez następne pięć lat (do 1938) przyjmował pacjentów pochodzenia żydowskiego.

U boku Hitlera W 1936 roku jego pacjentem został Heinrich Hoffmann – „nadworny fotograf” i przyjaciel Adolfa Hitlera, cierpiący na rzeżączkę. Zwieńczona skuteczną terapią znajomość doprowadziła Morella do bezpośredniego spotkania z Hitlerem, a w konsekwencji do objęcia posady „nadwornego lekarza Führera”, którą piastował aż do 22 kwietnia 1945, kiedy Hitler zakomunikował mu, że nie będzie go już potrzebował. Towarzyszył führerowi we wszystkich kwaterach głównych. Korzystając z koneksji, przejął połowę udziałów w koncernie farmaceutycznym „Hamma” z Hamburga.