Ustalono później, że to napastnicy oddali strzały z granatników w kierunku sił specjalnych, żeby utrzymać je z dala od szkoły.

3 września thumb|upright=1.8|Plan szkoły z początkowym rozmieszczeniem rosyjskich sił specjalnych. Pojazd wysłano po ciała zakładników zabitych na początku oblężenia Po południu 3 września napastnicy zgodzili się na usunięcie ciał z terenu szkoły przez ratowników. Kilka minut po tym, jak zespół mający usunąć ciała wkroczył do szkoły, około 13:04, napastnicy otworzyli ogień i nastąpiły dwie kolejne eksplozje. Dwóch z ratowników zginęło, pozostali uciekli przed ostrzałem. Kilka minut później grupie około trzydziestu zakładników udało się uciec z terenu szkoły, ale zostali oni ostrzelani przez napastników. Niektórzy z uciekinierów zostali ranni.

Asłanbek Asłachanow, doradca prezydenta Putina, oświadczył później, że przyczyną ostrzału i następującego po nim szturmu była spontaniczna eksplozja. Według rządowej wersji oficjalnej jedna z bomb była źle przyklejona taśmą i spadła, co było przyczyną wybuchu.

Według sprzecznego z powyższym zeznania anonimowego pracownika Ministerstwa Sytuacji Wyjątkowych strzelanina zaczęła się po tym, jak ich ciężarówka przyjechała po odbiór ciał.