W 1973 r. nastąpił gwałtowny rozwój muzeum – przekazany mu został pałac w Choroszczy, gdzie utworzono ekspozycję wnętrz. Utworzono także Punkt Muzealny w refektarzu i kaplicy dawnego Pałacu Opatów w Supraślu. Dwa lata później pracownia historyczna przeniosła się z pałacyku gościnnego przy ul. Kilińskiego do zabytkowego Pałacyku Cytronów przy ul. Warszawskiej 37. Powołano także nowy oddział w Tykocinie, z siedzibą w odbudowanej synagodze i domu talmudycznym.
W roku 1982 i na terenach położonych przy szosie do Augustowa powstało Białostockie Muzeum Wsi. W 1984 r., w odrestaurowanym ratuszu w Bielsku Podlaskim, powstało Muzeum w Bielsku Podlaskim. Przełom wieków przyniósł kolejne zmiany nazw instytucji: 27 kwietnia 1998 r. na Państwowe Muzeum w Białymstoku, a 25 kwietnia 2000 r. na Muzeum Podlaskie w Białymstoku.
Od 1 stycznia 2020 Muzeum Podlaskie jest współprowadzone przez Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego i województwo podlaskie. 10-letnią umowę w tej sprawie podpisano 17 grudnia 2019 roku.