Zimą 2007 Rost zdecydował się odejść z klubu i za milion euro trafił do walczącego o utrzymanie Hamburger SV. Wygrał rywalizację ze Stefanem Wächterem oraz Saschą Kirschsteinem i stał się pierwszym bramkarzem. Pomógł HSV w utrzymaniu i na koniec sezonu zajął z tym zespołem 7. pozycję.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1992/93 Werder Brema
Bundesliga 0 0 1993/94 Werder Brema
Bundesliga 0 0 1994/95 Werder Brema
Bundesliga 0 0 1995/96 Werder Brema
Bundesliga 15 0 1996/97 Werder Brema
Bundesliga 0 0 1997/98 Werder Brema
Bundesliga 2 0 1998/99 Werder Brema
Bundesliga 28 0 1999/00 Werder Brema
Bundesliga 34 0 2000/01 Werder Brema
Bundesliga 34 0 2001/02 Werder Brema
Bundesliga 34 1 2002/03 FC Schalke 04
Bundesliga 33 0 2003/04 FC Schalke 04
Bundesliga 27 0 2004/05 FC Schalke 04
Bundesliga 31 0 2005/06 FC Schalke 04
Bundesliga 32 0 2006/07 FC Schalke 04
Bundesliga 7 0 2006/07 Hamburger SV
Bundesliga 17 0 2007/08 Hamburger SV
Bundesliga 34 0 2008/09 Hamburger SV
Bundesliga 34
2009/10 Hamburger SV
Bundesliga 34
2010/11 Hamburger SV
Bundesliga 30