W 1952 po osobistej interwencji na czele grupy historyków w Belwederze u prezydenta Bolesława Bieruta (a także po wyraźnej prośbie Borisa Griekowa na spotkaniu z władzami Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej) został w miejsce pierwotnej kandydatki, przedwojennej marksistki Natalii Gąsiorowskiej, mianowany dyrektorem powstającego Instytutu Historii PAN, który obecnie nosi jego imię. Nie był członkiem PZPR, a do jego otoczenia należał jezuita o. Józef Wieteska, historyk i słuchacz jego seminarium, którego pozycję porównywał żartobliwie do ludzi sprawujących nad nim pieczę ideologiczną z ramienia partii. Pod jego zarządem Instytut Historii PAN kompletował kadrę zatrudniając ludzi usuniętych z uniwersytetów pod naciskiem partii lub Związku Młodzieży Polskiej, a po 1956 zwolnionych z więzień.
W 1952 r. został członkiem korespondentem, a w 1958 r. członkiem rzeczywistym PAN. Był także członkiem Rady Redakcyjnej „Przeglądu Historycznego”„Przegląd Historyczny”, nr 1/1969.. Od 1953 do śmierci pełnił funkcję przewodniczącego Rady Archiwalnej przy Naczelnym Dyrektorze Archiwów Państwowych.
Pochowany na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (aleja zasłużonych-1-149).