Ich miejsce zajęły klaryski kapucynki, które przybyły do Przasnysza 26 lipca 1871 r. Odwiedzał je tu dwukrotnie o. Honorat Koźmiński. Pierwszą opatką klasztoru była m. Izabella Lebenstein. Przez długie lata kapucynki nie mogły przyjmować nowych kandydatek do zakonu. Sytuacja ta zmieniła się na krótko w latach 1905–1906. Jednak regularny nowicjat otworzyły kapucynki dopiero w 1916 r.
W czasie I wojny światowej zabudowania klasztorne zostały uszkodzone, następnie (po 1916 r.) odremontowane pod kierunkiem architektów Kazimierza Skórewicza i Kazimierza Tołłoczki. W kwietniu 1941 r. wszystkie zakonnice wywiezione zostały do niemieckiego obozu koncentracyjnego Soldau (KL) w Działdowie. Niemcy urządzili w kościele magazyn, a w klasztorze więzienie. W obozie w Działdowie zmarła śmiercią męczeńską bł. Teresa (Mieczysława) Kowalska.
Architektura i wnętrze
lewo|mały|Obraz Matki Bożej Pocieszenia z Dzieciątkiem Kościół klasztorny pw. św. św. Klary i Józefa to budynek murowany z cegły, otynkowany, salowy, na planie prostokąta, w obecnym wyglądzie bezstylowy. Fasada poprzedzona kruchtą, zwieńczona jest trójkątnym szczytem z wieżyczką na sygnaturkę. Malatura kościoła została wykonana w latach 50. XX wieku.