Mnisi przejęli oficjalnie wyspę 8 września 1717, zakładając tam nowy dom macierzysty zgromadzenia.
Podział W 1773 część mnichów oddzieliła się, zakładając klasztor w Trieście. Trwająca do 1805 francuska okupacja tego miasta zmusiła zakonników do ucieczki do Wiednia, gdzie na mocy dekretu cesarza Franciszka I z dnia 5 listopada 1810 znaleźli ostateczne schronienie. Utrwalił się wtedy podział na dwie gałęzie zakonne: Zakon Mechitarystów Weneckich (łac. Ordo Mechitaristarum Venetiarum - OMechVen) i Zakon Mechitarystów Wiedeńskich (Ordo Mechitaristarum Vindobonensis - OMechVind).
Ponowne zjednoczenie W czerwcu 2000 na nadzwyczajnym zgromadzeniu mnichów z obu gałęzi zakonu – weneckiej i wiedeńskiej – ustalono zasady ponownego połączenia obu gałęzi zakonu w jedną całość pod jednym zwierzchnictwem. W wyniku tego powstał ponownie jeden zakon na czele z opatem generalnym i wspólną radą administracyjną, przy czym za dom macierzysty zakonu uznano klasztor wenecki, a konwent wiedeński, z własnym opatem, za drugi główny klasztor.