W roku 1784 Akademia Zamojska została zamknięta przez zaborcze władze austriackie. Przed odzyskaniem niepodległości przez Polskę – w roku 1916 w gmachu Akademii Zamojskiej utworzono I Liceum Ogólnokształcące imienia Jana Zamoyskiego. Wpierw liceum funkcjonowało jako tzw. Realne Gimnazjum Męskie, a dyrektorem szkoły został Kazimierz Lewicki. Pierwsze matury odbyły się w 1922 roku. W czasie wojny (1939–1944) miało miejsce tajne nauczanie licealistów przez Tadeusza Gajewskiego i Stanistawę Żochowską. Gimnazjum zostało wznowione w 1944 roku. W 1992 roku na terenie liceum realizowany był film Grzegorza Królikiewicza Przypadek Pekosińskiego.
Pierwszą kobietą-dyrektorem została Halina Chwiejczak – rusycystka, która pełniła tę funkcję w latach 1997–2002. Drugą kobietą na tym stanowisku jest Bożena Krupa, nauczycielka języka francuskiego, która sprawowałą tę funkcję od 2017 roku. W 2023 roku dyrektorem liceum została Agnieszka Kowal.
Dyrektorzy Lp. Lata Imię i nazwisko dyrektora 1. 1916–1932 Kazimierz Lewicki 2. 1932–1939 Adam Szczerbowski 3. 1944–1953 Michał Bojarczuk 4. 1953–1957 Kazimierz Mazurek 5. 1957-1971 Michał Bojarczuk 6. 1971–1992 Bolesław Hass 7. 1992–1997 Zygfryd Bielecki 8. 1997–2002 Halina Chwiejczak 9. 2002–2017 Zygmunt Kamiński10.