Terminal konsoliduje prawie 20 poprzednich terminali autobusowych w Shinjuku.
Układ przestrzenny Dworzec jest złożony z kompleksu głównego, należącego do kolei JR東日本 JR Higashi Nihon (układ przelotowy) oraz z dwóch dworców czołowych kolei prywatnych Odakyū i Keiō, sąsiadujących z kompleksem JR od zachodu. Dworzec kolei prywatnej Seibu, który nie należy do kompleksu dworca Shinjuku, ale położony jest blisko niego (ok. 400 m), stanowi osobny zespół połączony podziemnymi pasażami usługowymi.
Układ dworca JR: Poziom +1 (oznaczony jako 2F): galeria usługowo-kasowa, przejście ogólnodostępne; Poziom 0 (oznaczony jako 1F): 7 peronów wyspowych (14 krawędzi peronowych); Poziom -1 (oznaczony jako B1F): powierzchnia usługowo-kasowa, halle kasowo-recepcyjne po obu stronach dworca.
Od północy poprzecznie w stosunku do peronów znajduje się stacja metra linii 丸ノ内 Marunouchi: Poziom -1 (B1F, lekko zagłębiony): westybul nad stacją; Poziom -2 (B2F): peron wyspowy stacji.