Monaster powstał w okresie nasilonych polemik katolicko (unicko)-prawosławnych i rywalizacji o wiernych na wschodnich ziemiach Rzeczypospolitej; Skit Maniawski stał się jednym z ośrodków sprzeciwu wobec unii brzeskiej. Jego autorytet wśród innych klasztorów podzielających to stanowisko stał się na tyle znaczny, że do 1628 wszystkie monastery województw podolskiego, bełskiego i ruskiego uznały się za instytucje podporządkowane Skitowi.
W 1640 r. w skicie żyło ok. 200 mnichów.
Mnisi żyli w nim w wyjątkowej ascezie – mieszkali w zimnych celach, nie jedli mięsa ani nabiału, tylko z rzadka spożywali olej.
Rozwój W czasie powstania Chmielnickiego mnisi wykazali się wiernością królowi polskiemu i nie okazali żadnej pomocy wojskom kozackim, które dotarły do Nadwórnej, w pobliże Skitu. Zostali za to pochwaleni w uniwersale króla Jana Kazimierza z dnia 28 lipca 1653, a starosta halicki Adam Potocki wziął ich pod swoją protekcję. Jednocześnie 22 lipca hetman polny koronny Stanisław Rewera Potocki zwolnił skit od wszelkich danin wojennych, włącznie z kwaterowaniem i stacjonowaniem wojsk.