W następnym wieku przez całą Europę przetoczyła się dżuma, powodując ponowny rozkwit sekt biczowników, zwłaszcza w Niemczech i Francji, choć nie ominęło to również Polski. Przeciwko biczownikom wypowiadali się papieże, a także wielu władców, gdyż biczownicy podważali istniejący ustrój feudalny. Wreszcie procesje biczowników zostały zakazane w 1349 r. przez papieża Klemensa VI w bulli Inter sollicitudines pod groźbą klątwy. W efekcie część biczowników podporządkowała się władzom, a część "zeszła do podziemia" przekształcając się w heretycką sektę, tropioną przez inkwizycję.
Wg Słownika Geograficznego kapnicy odbywali swoje praktyki ascetyczne w kościele św. Wojciecha w BaranowieEdmund Callier, .
W średniowiecznych Niemczech biczownicy śpiewali religijne pieśni ludowe określane jako geisslerlieder.
Praktyka pobożnościowa W późniejszych czasach biczownictwo nie zniknęło całkowicie. Umiarkowane biczowanie utrzymano jako dozwoloną praktykę pobożnościową w zakonach, a także w Wielki Piątek. Tak rozumiane biczownictwo było popularne do XVIII wieku. Biczownikami byli między innymi królowie polscy Zygmunt III Waza, Władysław IV Waza, Jan Kazimierz oraz wielu świętych.