Koncepcję HGT (nazwaną wtedy terminem międzygatunkowy przepływ genów) wprowadził w 1984 roku Michael Syvanen; później sukcesywnie ją rozwijał. Mechanizm HGT kontrastuje z typowym dziedziczeniem genów od przodka do potomka, które nazywane jest w terminologii genetycznej pionowym transferem genów (VGT, z ang.: vertical gene transfer).
HGT można podzielić na: naturalny, gdzie HGT występuje przypadkowo i bardzo rzadko. Prawdopodobieństwo zaistnienia HGT jest znikomo małe, mimo to, biorąc pod uwagę liczebność organizmów i upływ czasu, HGT wpłynął istotnie na ewolucję do tego stopnia, że HGT jest proponowany jako kolejny paradygmat biologii; sztuczny, gdzie HGT jest stosowany w inżynierii genetycznej. Przypadek jest zastąpiony celowym działaniem.
Naturalny poziomy transfer genów thumb|Szczególnie dużo genów obcego pochodzenia zostało wykrytych w mt DNA Amborella trichopoda Poziomy transfer genów w znacznym stopniu wpłynął na współczesną zawartość genomów eukariontów. Szczególną rolę wydaje się odgrywać w adaptacji do pasożytnictwa, patogenezy i szczególnych warunków środowiska, takich jak niedobór związków azotu. Większość znanych przypadków dotyczy przeniesienia genów pochodzących od bakterii. Nie są to jednak wszystkie przypadki. U roślin HGT jest istotnym procesem decydującym o ewolucji genomów.