Wyspy Świętego Tomasza i Książęca oraz Republika Środkowoafrykańska nie będą brały udziału w eliminacjach Mistrzostw Świata w strefie CAF. Fakt ten został ogłoszony przez związki piłkarskie tych państw 31 sierpnia 2007.

Pierwsza runda kwalifikacji przedstawiała dwumecze między 10 najsłabszymi drużynami Afryki według rankingu FIFA. Liczba ta wliczała Wyspy Świętego Tomasza i Książęcą oraz Republikę Środkowoafrykańską. FIFA wraz z CAF zadecydowały, że dwie najwyżej notowane drużyny z rankingu FIFA z lipca 2007 awansują automatycznie do następnej rundy. Tymi drużynami zostały reprezentacje Suazi oraz Seszeli.

W konsekwencji, reprezentacje Dżibuti i Somalii, które miały grać przeciwko Suazi i Seszelom zagrały jeden mecz między sobą o awans 16 listopada 2007.

Runda druga 5 zwycięzców rundy eliminacyjnej oraz 43 najlepsze drużyny Afryki zostały podzielone na 12 grup po 4 drużyny w każdej. Drużyny zagrały ze sobą w systemie kołowym w 2008 roku. 12 zwycięzców grup i 8 najlepszych drużyn z 2. miejsc awansowało do rundy trzeciej.

Drużyny Rozstawienie z rankingu FIFA z lipca 2007.

Grupy Mecze w 12 grupach odbyły się:

30 maja 2008 6 czerwca 2008 13 czerwca 2008 20 czerwca 2008 5 września 2008 10 października 2008

Grupa 1