Latem 2001 Éwerthon przeszedł do niemieckiej Borussii Dortmund. W klubie tym spotkał swoich rodaków: Dedé, Evanílsona oraz Márcio Amoroso. W Bundeslidze zadebiutował 29 września w wygranym 2:1 wyjazdowym meczu z FC St. Pauli i w debiucie zdobył gola oraz zaliczył asystę. W całym sezonie prezentował wysoką formę strzelecką i łącznie strzelił 11 goli (10 w lidze i jednego w Pucharze UEFA w spotkaniu ze Slovanem Liberec). Po Janie Kollerze i Amoroso był najlepszym strzelcem zespołu, który wywalczył mistrzostwo Niemiec i doszedł do finału Pucharu UEFA (porażka 2:3 z Feyenoordem). W sezonie 2002/2003 Éwerthon 11-krotnie trafiał do siatki rywali, a zespół z Dortmundu zajął 3. miejsce w lidze. Brazylijczyk wystąpił także w obu fazach grupowych Ligi Mistrzów. W sezonie 2003/2004 z 16 golami był wraz z Kollerem najlepszym strzelcem zespołu, jednak Borussia spisała się słabiej zajmując 6. lokatę. W Borussii Éwerthon występował także w sezonie 2004/2005, w którym zdobył 10 bramek (7. pozycja BVB).