W 1954 przeprowadzono centralizację struktury administracyjnej Kościoła Polskokatolickiego w PRL dzieląc sam Kościół na cztery dekanaty: centralny, lubelski, śląsko-małopolski i pomorski. Rok 1957 przyniósł kolejną reformę administracyjną – powrócono do podziału na 7 dekanatów, rok później było ich już tylko 6: centralny, lubelski, chełmski, krakowski oraz wrocławski.
Kiedy wydawało się, że powyższy podział przetrwa dłuższy czas, postanowiono na nowo ulepszyć strukturę administracyjną Kościoła Polskokatolickiego w PRL. Decyzja w tej sprawie zapadła pod koniec 1959, natomiast weszła w życie na początku kolejnego, kiedy bp Maksymilian Rode powiadomił księży o nowym podziale administracyjnym na 11 dekanatów. W 1961 na mocy dekretu wydanego 23 marca bp Rode doprowadził do utworzenia trzech jednostek wyższego rzędu tj. diecezji. Diecezja wrocławska składała się z dekanatów: wrocławsko-opolskiego, poznańsko-zielonogórskiego i szczecińsko-koszalińskiego. W sumie, w diecezji wrocławskiej były 3 dekanaty i 11 parafii. W 1975 diecezja liczyła 30 parafii, a w 1989 – 22.
W latach 1980–2004 diecezją kierował ks. bp Wiesław Skołucki, którego w 2004, ze względu na zły stan zdrowia – zastąpił ks. inf. Stanisław Bosy, rezydujący w Szczecinie, od 2023 biskup. Stolica diecezji nadal znajduje się formalnie we Wrocławiu.