Rozwój protestantyzmu Rozkwit monastycyzmu i bogactwo dostojników kościelnych budziło rosnący sprzeciw ludności Szkocji, co ułatwiło wprowadzenie reformacji w XVI wieku przez Johna Knoxa. Opór królowej Marii Stuart przeciwko wprowadzaniu kalwinizmu spowodował radykalizację protestantów: w 1560 parlament Szkocji ogłosił kalwinizm jedyną religią państwową i zakazał innych praktyk religijnych. Gorliwość w walce z katolicyzmem doprowadziła do zburzenia lub zrujnowania niemal wszystkich kościołów, z wyjątkiem katedr w Edynburgu i w Stornoway. Od 1690 powstał współczesny Kościół Szkocki (tzw. Kirk) - uznany za „narodowy”, ale niezależny od państwa w kwestiach doktrynalnych. Do początku XX wieku ten Kościół kształtował charakterystyczną obyczajowość Szkotów (oszczędność, skromność i gospodarność). Od 1689 wyodrębnił się w Szkocji anglikański Szkocki Kościół Episkopalny. Każdy brytyjski monarcha (oprócz przynależności do anglikanizmu) musi należeć do państwowego Kościoła Szkocji. thumb|Ruiny katedry św. Andrzeja w Fife, zniszczonej w okresie reformacji