Głębokość zbiornika w okolicach zapory w Niedzicy osiąga 50 metrów i zmniejsza się w stronę cofki, czyli miejsca gdzie uchodzi główny dopływ zbiornika – rzeka Dunajec.

Zapora o długości 404 m i wysokości 59,4 m, znajduje się na 173,3 km od ujścia Dunajca i gromadzi wody spływające z obszaru 1287 km². Zapora ta ma charakter budowli ziemnej z rdzeniem gruntowym. Umieszczone w niej urządzenia upustowe umożliwiają zrzut wody w ilości ponad 2 tys. m³ w ciągu sekundy.

Poniżej zapory Zbiornika Czorsztyńskiego znajduje się drugi, znacznie mniejszy zbiornik – Jezioro Sromowskie pełniące rolę zbiornika wyrównawczego dla zbiornika Czorsztyńskiego.

Znaczenie zbiornika Podstawowe zadania zbiornika – poza znaczeniem przyrodniczym i krajobrazowym – kojarzone są z kilkoma kierunkami jego eksploatacji. Najważniejszą jego funkcją jest ochrona przeciwpowodziowa doliny Dunajca, poprzez gromadzenie nadmiaru wody płynącej tą rzeką w czasie wezbrań. Służy temu rezerwa powodziowa – 63,3 mln m³. Zbiornik zdał egzamin podczas powodzi z lipca 1997 roku. Wówczas największy dopływ wody był szacowany na prawie 1400 m³/s, a odpływ ze zbiornika wyrównawczego oscylował wokół 600 m³/s.