W dniach 27 maja–8 lipca 1704 r. przeprowadzona została rozbudowa kaplicy na kościół. Roboty odbyły się pod kierownictwem Wojciecha Barabasza, majstra ciesielskiego. Już 7 czerwca 1704, w trakcie trwania prac, w nowym kościele odprawiona została pierwsza msza, którą poprowadził proboszcz żywieckiej parafii, ks. Krzysztof Anderski. 8 lipca 1704 w świątyni zawieszony został dzwon poświęcony św. Zofii, patronce rodziny Komorowskich. Dzwon został odlany w Krakowie i posiadał napis „O Mater Sancta Sophia Anno Domini 1701”. 6 sierpnia 1704 miała tu miejsce specjalna msza z procesją, poprowadzona przez dwóch prałatów z Akademii Krakowskiej. Jeden z gości prowadził mszę, a drugi wygłosił podczas niej kazanie.
Po ukończeniu rozbudowy kościół uzupełniany był przez Komonieckich w potrzebne wyposażenie. 24 listopada 1704 zostały tu zainstalowane dwa ołtarze boczne. Prawy został poświęcony św. Zofii, natomiast lewy – św. Andrzejowi. W maju 1705 budynek został pomalowany na polecenie Andrzeja Komonieckiego przez malarza Gabriela Komonieckiego. W 1705 kościół uzyskał papieski przywilej odpustowy, ważny przez 10 lat, o którym informacja została przywieziona do Żywca 8 lipca 1705 przez ojca Marcjana, franciszkanina z Krosna.