Uczestniczył również w kursie bezpieczeństwa portowego i operacji ratowniczych w Yorktown (1995) oraz kursie przygotowawczym do służby w strukturach NATO w Norfolk (1998).

Służba wojskowa Początkowo zajmował kolejne stanowiska w 41 dywizjonie okrętów ratowniczych w Gdyni. , po czym został szefem sztabu – zastępcą dowódcy 41 dywizjonu okrętów ratowniczych. W latach 1991–1995 dowodził grupą okrętów ratowniczych 45 dywizjonu pomocniczych jednostek pływających w Gdyni. Następnie służył w Dowództwie 3 Flotylli Okrętów im. kmdr. Bolesława Romanowskiego w Gdyni, a od 1999 roku przebywał w Regionalnym Dowództwie Sojuszniczych Sił Zbrojnych NATO na Wschodnim Atlantyku w Northwood (ang. Regional Headquarters, Eastern Atlantic – RHQ EASTLANT).

W 2002 roku wyznaczono go do Centrum Operacji Morskich w Gdyni, gdzie początkowo był szefem Ośrodka Ratownictwa Morskiego, a w 2004 objął funkcję szefa Pionu Planowania Operacji. Na początku 2007 roku został szefem Zarządu Planowania Obronnego i Rozwoju N5 w Sztabie Marynarki Wojennej w Gdyni. Z dniem 15 sierpnia 2007 roku kmdr Waldemar Głuszko awansował na stopień wojskowy kontradmirała i został szefem Sztabu Marynarki Wojennej – zastępcą dowódcy Marynarki Wojennej. 29 kwietnia 2009 został mianowany na stopień wiceadmirała.