Pracował w Żydowskim Instytucie Historycznym w Warszawie i był ekspertem Głównej Komisji Badania Zbrodni Hitlerowskich w Polsce. Zajmował się głównie badaniem Holocaustu. Zmuszony do rezygnacji z zajmowanych funkcji po wydarzeniach marca 1968 r., wkrótce potem został zrehabilitowany. Kilkakrotnie spotykał się z Janem Pawłem II podczas jego pielgrzymek do Polski.
Zmarł w 1989 r. w Warszawie. Został pochowany na cmentarzu żydowskim przy ulicy Okopowej w Warszawie (kwatera 10, rząd 5)Grób Szymona Datnera w bazie danych Cmentarza Żydowskiego przy ul. Okopowej w Warszawie..
Życie prywatne Jego córka, Helena Datner, jest historykiem i socjologiem, dwie córki Miriam i Szoszana (Lilka) zginęły podczas Holocaustu. Był żonaty z Edwardą Orłowską.
Badania W 1966 r., jako historyk zajmujący się po wojnie zagadnieniem Holocaustu w pracy dotyczącej tego tematu, odpowiedzialność za masowe zbrodnie na żydowskiej ludności Białostocczyzny (mające miejsce po ataku III Rzeszy na ZSRR w czerwcu 1941 r.) przypisał specjalnym grupom operacyjnym niemieckiej policji i opisał prowokacje, których się dopuszczały.