Został docentem w Katedrze i Klinice Chirurgicznej Uniwersytetu Jagiellońskiego, w 1901 uzyskał tytuł profesora nadzwyczajnego. Pięć lat później zdecydował się powrócić do Warszawy, gdzie został ordynatorem Oddziału Chirurgicznego w Szpitalu Św. Ducha. Zorganizował Pracownię Medycyny Doświadczalnej Towarzystwa Naukowego Warszawskiego i kierował w niej Oddziałem Chirurgicznym. Po wkroczeniu do Warszawy Niemcy reaktywowali Uniwersytet Warszawski, na którym Leon Kryński został profesorem w Katedrze i Zakładzie Anatomii Opisowej. Był również organizatorem Wydziału Lekarskiego, gdzie początkowo kierował Oddziałem Przygotowawczo-Lekarskim, a w roku akademickim 1916/1917 pełnił funkcję dziekana. Był pracownikiem Komisji Słownikowej Tymczasowej Rady StanuWłodzimierz Suleja, Tymczasowa Rada Stanu, Warszawa 1998, s. 220.. W 1918 został kierownikiem I Katedry i Kliniki, rok później uzyskał tytuł profesora zwyczajnego. Następnie stworzył Zakład Chirurgii Operacyjnej i Anatomii Topograficznej, którym kierował do przejścia w stan spoczynku w 1931.
Zmarł po dłuższej chorobie 8 października 1937 w Warszawie.