Zgodnie z treścią wyżej wymienionej ustawy „Morski Krzyż Zasługi może być nadany żołnierzowi Marynarki Wojennej, a wyjątkowo żołnierzowi innego rodzaju Sił Zbrojnych Rzeczypospolitej Polskiej, za dokonany w czasie służby czyn przynoszący szczególną korzyść Marynarce Wojennej, a wykraczający poza normalny obowiązek”. W precedencji polskich odznaczeń zajmuje miejsce za Wojskowym, Morskim oraz Lotniczym Krzyżem Zasługi z Mieczami, a przed Krzyżem Świętego Floriana. Jest równorzędny z Wojskowym i Lotniczym Krzyżem Zasługi.
Nadawanie Morski Krzyż Zasługi nadaje i wręcza Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej, z inicjatywy własnej lub na wniosek ministra właściwego do spraw obrony. Prezydent ma również prawo do pozbawienia Krzyża osoby nim odznaczonej.
W latach 2007–2009 przyznano 26 Morskich Krzyży Zasługi.
Wygląd Oznaką Morskiego Krzyża Zasługi jest 40 mm równoramienny krzyż kawalerski o wyciętych półkoliście ramionach, wyoblony od strony lica, srebrzony i oksydowany. W środku znajduje się wypukłe zbrojne ramię Marynarki Wojennej. Rewers krzyża składa się z centralnie umieszczonego trzywierszowego napisu „POLSKA SWEMU OBROŃCY” oraz gałązek wawrzynu na ramionach poziomych.