Do najważniejszych aplikacji pracujących po stronie serwera należy scheduler (serwer harmonogramów). Zajmuje się on dystrybucją fragmentów danych do obliczeń pomiędzy komputery uczestników projektu. W swoim działaniu scheduler uwzględnia między innymi możliwości komputerów uczestników (moc obliczeniowa, ilość pamięci RAM), oraz średni czas w ciągu doby, jaki komputery te przeznaczają na pracę z BOINC. W ten sposób unika się nadmiernego obciążenia słabych komputerów, oraz pozwala się na pełniejsze wykorzystanie mocnych maszyn.
Jeżeli na komputerze otrzymującym dane do przetwarzania nie została jeszcze zainstalowana aplikacja mająca je przetwarzać, jest ona również przesyłana do uczestnika projektu. W ramach jednego projektu może funkcjonować wiele aplikacji, a wysyłane dane mogą być przeznaczone dla którejkolwiek z nich.
Gdy na komputerze uczestnika znajdą się zarówno dane do przetwarzania, jak i odpowiednia aplikacja, rozpoczyna się przetwarzanie danych. Czas przetwarzania jednej porcji danych jest różny w zależności od projektu i waha się od kilkunastu sekund do kilkuset godzin.