Pomimo niewielkich różnic w budowie anatomicznej, na podstawie których Trilophosauria klasyfikowano niegdyś do Euryapsyda, Prolacertifomes zaliczano do lepidozaurów i uznawano za możliwych przodków współczesnych jaszczurek, a rynchozaury uznawano za lepidozaury spokrewnione ze sfenodontami, obecnie – ze względu na liczne podobieństwa w budowie szkieletu i czaszki – uważa się, że grupy te mają wspólnego przodka i tworzą klad. Dyskusyjna jest przynależność Choristodera do archozauromorfów. Część naukowców zalicza też do archozauromorfów grupy Ichthyopterygia i Thalattosauria, zauropterygi, rodzinę Drepanosauridae i żółwie; jednak pozycja filogenetyczna tych grup i ich ewentualna przynależność do archozauromorfów pozostają przedmiotem sporów.
Rynchozaury, Trilophosauria i Prolacertiformes wymarły pod koniec triasu, Choristodera przetrwały jako mała grupa aż do miocenu, zaś Archosauriformes stały się jedną z głównych grup i dały początek archozaurom.