W 1939 opuszcza redakcję „Głosu Narodu” w związku z nominacją na proboszcza parafii św. Floriana w Krakowie. 8 września 1939 mianowany rektorem Wyższego Seminarium Duchownego Archidiecezji Krakowskiej. Funkcję tę pełnił do roku 1945. Jako rektor czasów wojny był człowiekiem obdarzonym ogromnym wyczuciem sytuacji. Był zmuszony w związku z rekwizycją Gestapo przenieść seminarium do Domu Katolickiego – dziś Filharmonia Krakowska i Pałacu Arcybiskupiego. Dbał o wysoki poziom nauki.

Od 27 października 1942 do 8 stycznia 1943 był więziony w więzieniu Montelupich. Po aresztowaniu profesorów Uniwersytetu Jagiellońskiego zorganizował nowe grono wykładowców. W 1942 przyjął do seminarium Karola Wojtyłę.

Był założycielem „Tygodnika Powszechnego” i faktycznie przez pierwsze lata nim kierował, chociaż oficjalnie pełnił tylko funkcję asystenta kościelnego. W 1951 ustąpił z redakcji tygodnika i wyjechał z Krakowa do Zebrzydowic, gdzie mieszkał do 1955 rokuKsiądz Jan Piwowarczyk, ojciec "Tygodnika Powszechnego".

Pochowany na cmentarzu Rakowickim w grobowcu kapituły.