W maju 1945 r. został rektorem Wyższego Seminarium Duchownego Archidiecezji Krakowskiej. Był przełożonym seminaryjnym kleryka Karola Wojtyły. Tytuł prałata otrzymał w 1946, a kanonikiem Kapituły Katedralnej na Wawelu w 1960, gdzie pełnił funkcję bibliotekarza i archiwariusza. Po rezygnacji z funkcji rektora seminarium krakowskiego w 1961 abp Eugeniusz Baziak mianował go kolejno: referentem Kurii Metropolitalnej w Krakowie, dyrektorem Archiwów Archidiecezjalnych w Krakowie, archidiecezjalnym duszpasterzem sanktuariów maryjnych archidiecezji krakowskiej. Przez całe życie był człowiekiem ogromnej pracy i czynu, aż do niespodziewanej śmierci. Zostawił wielki ślad w historii Kościoła krakowskiego. Nagle zaczął chorować na białaczkę i niedługo potem 10 września 1966 zmarł w Krakowie. Uroczystości pogrzebowe odbyły się w katedrze na Wawelu. Został pochowany na cmentarzu Rakowickim w Krakowie.
W książce „Dar i Tajemnica” Jan Paweł II tak wspominał ks. Kozłowskiego: Po wakacjach roku 1945, jako następca ks. Jana Piwowarczyka, został zamianowany rektorem wadowiczanin, ks.