W latach 1843–1855 wykładał na uniwersytecie w Bazylei, a następnie na Politechnice Federalnej w Zurychu. W roku 1859 wrócił do Bazylei i objął stanowisko profesora, które piastował aż do przejścia na emeryturę w roku 1893. Od roku 1886 wykładał wyłącznie historię sztuki. W roku 1867 odrzucił ofertę profesury ze strony uniwersytetu w Tybindze, a w roku 1872 ofertę uniwersytetu Humboldtów, gdzie proponowano mu katedrę po Rankem.
Dzieło Sigfried Giedion opisał osiągnięcia Burckhardta następująco: „Wielki odkrywca epoki Renesansu, jako pierwszy wskazał, jak należy ujmować w sposób całościowy dany okres, odnosząc się nie tylko do jego malarstwa, rzeźby i architektury, ale również instytucji społecznych życia codziennego.”Za angielską Wikipedią, z: Siegfried Giedion, Space, Time and Architecture (6th ed.), p 3.
Pisma historyczne Burckhardta w znaczący sposób przyczyniły się do ukształtowania historii jako dyscypliny naukowej, a jednocześnie mają wartość literacką same w sobie. Jego nowatorskie podejście do badań historycznych kładło nacisk na wartość sztuki, kultury i estetyki dla analiz życia społecznego i politycznego epoki.