Po wyjeździe Maksymiliana do Meksyku ministerstwo uległo likwidacji, a marynarka wojenna wróciła do Ministerstwa Wojny jako Departament Morski. W 1865 dowódcą floty został mianowany admirał Wilhelm von Tegetthoff, który pełnił tę funkcję dalej również od powstania w 1867 Monarchii Austro-Węgier, do roku 1871.
Kaiserliche Kriegsmarine ukształtowała się w wyniku dwóch ważnych dla niej bitew: pod Helgolandem i pod Lissą. Admirał Wilhelm von Tegetthoff, bohater spod Helgolandu i zwycięzca spod Lissy, wielki autorytet w sprawach wojenno-morskich, przedstawił w parlamencie projekt rozbudowy floty z następującym uzasadnieniem:
Mimo to w latach następnych nakłady na budowę okrętów stale pomniejszano, bowiem − paradoksalnie − zwycięstwo pod Lissą wzmogło poczucie bezpieczeństwa.