Rok później doszło do buntu grupy baronów związanych z królem Ryszardem II. Wśród nich znalazł się dawny opiekun nowego hrabiego Arundel, książę Exeter. Rebelia została szybko stłumiona. Exeter znalazł się w rękach stryjny Arundela, Joan, hrabiny Hereford. Na rozkaz Arundela został on ścięty. W latach 1401–1405 Arundel prowadził działania wojenne na pograniczu walijskich przeciwko buntownikom pod wodzą Owena Glendowera. W 1405 r. stał na czele królewskich komisarzy, którzy wydali wyrok śmierci na arcybiskupa Yorku Richarda le Scrope'a za jego niedawny bunt. Egzekucja duchownego wywołała konflikt między Arundelem a jego stryjem, arcybiskupem Thomasem, który sprzeciwiał się ścięciu prałata.
Kiedy siostra Henryka IV, Filipa Lancaster, poślubiła króla Portugalii Jana Dobrego, dla umocnienia angielsko-portugalskiego sojuszu doszło do małżeństwa Arundela z Beatriz (ok. 1386 – 25 października 1447), nieślubną córką Jana Dobrego i Inês Pires, córki przechrzczonego Żyda. Ślub odbył się 26 listopada 1405 w Londynie w obecności króla Henryka. Małżonkowie nie mieli razem dzieci.