W maju 1911 rząd rosyjski nakazał władzom gminy Czyste, aby wymówiły osobom prywatnym dzierżawę gruntów „poduchownych”, gdyż miał z nich powstać cmentarz mariawicki. Miał on zajmować 3 morgi, czyli około 1,68 ha. Oficjalnie nekropolię mariawicką otwarto 13 października 1912. Do dziś zachował nagrobek wystawiony w tymże samym roku nad miejscem spoczynku Julii z Baranowskich Habikiewicz, zmarłej 24 grudnia 1912. Cmentarz służył czterem warszawskim parafiom mariawickim do 1945.
Zarysy cmentarzyka widoczne są m.in. na planach Warszawy z 1916 i 1924, lecz różnią się one kształtem. W 1916, wraz z poszerzeniem granic Warszawy, cmentarz znalazł się w granicach miasta, lecz połączenie z śródmieściem uzyskał dopiero w 1924, kiedy między nim a cmentarzem wolskim utworzono pętlę tramwajową.
Do 1925 na terenie cmentarza znajdowała się tylko kaplica i dopiero rok później, udało się wystawić kościółek Matki Boskiej Nieustającej Pomocy wraz z plebanią. W czasie II wojny światowej podzielił on los innych warszawskich świątyń mariawickich i uległ zniszczeniu. Odbudowano go dopiero w latach 60. XX w. (świątynia istnieje do dzisiaj, ale nie jest już użytkowana).