W latach 1991–1995 zainstalowano program MAK w wielu bibliotekach kościelnych i przeprowadzono wiele szkoleń podstawowych i dla administratorów. Rozpoczęto przejmowanie danych z Przewodnika Bibliograficznego. Federacja jako pierwsza skumulowała dane z Przewodnika Bibliograficznego oraz zaczęła pobierać bieżące dane przez Internet. W tym czasie rozpoczęto też tworzyć katalog centralny bibliotek FIDES, który od 1993 jest widoczny w sieci Internet (w pierwszej fazie z komputera PLEARN na Uniwersytecie Warszawskim). Był to drugi w Polsce internetowy katalog biblioteczny po bazach danych Biblioteki Politechniki Wrocławskiej. W 1994 Federacja wydała pierwszy CD-ROM z katalogiem centralnym oraz innymi własnymi bazami.
Po czterech latach działalności, 18 marca 1995, Federacja „Fides” została oficjalnie erygowana przez Konferencję Episkopatu Polski i otrzymała statut oraz osobowość prawną kościelną i państwową. Władzami Federacji są Zarząd, Komisja Rewizyjna i Walne Zgromadzenie. Walne zgromadzenia FIDES odbywają się co roku w siedzibach różnych bibliotek członkowskich. Także od 1995 wydawany jest półrocznik „Fides. Biuletyn Bibliotek Kościelnych”.