18 lipca 2023 roku podpisał krótkoterminowy kontrakt z Manchesterem United, by móc wziąć udział w kilku meczach przedsezonowych. 1 września tego samego roku podpisał roczny kontrakt z Czerwonymi Diabłami i tym samym po ośmiu latach oficjalnie wrócił do swojego macierzystego klubu. Pierwszy mecz po powrocie zagrał 3 września 2023 roku w przegranym 3:1 meczu przeciwko Arsenalowi, zmieniając w 85 minucie spotkania Victora Lindelöfa. 12 lipca 2024 roku przedłużył o rok swój kontrakt z Manchesterem United. Pierwszego gola po powrocie na Old Trafford strzelił 19 grudnia 2024 roku w przegranym 4:3 meczu przeciwko Tottenhamowi Hotspur. 25 maja 2025 roku ogłoszono, że wraz z końcem sezonu 2024/2025 Jonny Evans odejdzie z klubu jako wolny agent.
31 maja 2025 roku ogłosił zakończenie piłkarskiej kariery.
W styczniu 2026 roku został asystentem tymczasowego trenera Manchesteru United Darrena Fletchera.