Jako zdeklarowany republikanin po restauracji monarchii w 1660 r. zamieszkał za granicą. W połowie lat 60. prowadził negocjacje w sprawie francuskiego i holenderskiego wsparcia dla republikańskiej inwazji na Anglię. Do Anglii powrócił w 1677 r. i od razu zaangażował się w działalność przeciwko polityce króla Karola II. Kiedy w 1681 r. Karol rozwiązał ostatni parlament za swojego panowania, Sydney i lord Shaftesbury zaczęli spiskować przeciwko tyranii, opierającej się na „sile pozbawionej autorytetu”. Możliwe, że Sydney był zamieszany w spisek Rye House, który miał na celu zabicie Karola II i jego brata, jednak nie ma na to mocnych dowodów.
Sydney został jednak oskarżony o udział w spisku. Przeciwko niemu wykorzystano jego pisma polityczne i skazano na śmierć za zdradę monarchii. Egzekucji dokonano 7 grudnia 1683 r. Wstępując na szafot Sydney powiedział: Żyjemy w czasach, które prawdę zmieniają w zdradę.
Jego imię nosi Hampden-Sydney College w stanie Wirginia. Szkoła została nazwana na jego cześć, gdyż poglądy Sydneya wywarły wielki wpływ na późniejszych myślicieli amerykańskich.