W 1560 r. wysłany jako legat papieski do Świętego Cesarstwa Rzymskiego, w celu zaproszenia przedstawicieli państw katolickich i protestanckich na otwieraną właśnie sesję soboru trydenckiego. Przybył na konwencję religijną przedstawicieli władców protestanckich w Naumburg (Saale), gdzie bezskutecznie próbował przekonać ich do wznowienia unii z kościołem rzymskim. W styczniu 1563 r. wyjechał z misją do Innsbrucku, gdzie konferował nad kwestiami soboru z cesarzem Ferdynandem I Habsburgiem.
W październiku tego roku jako legat i nuncjusz apostolski przybył do Rzeczypospolitej. Tu odwiódł króla Polski Zygmunta II Augusta od idei utworzenia (nieuznającego prymatu papieża) polskiego kościoła narodowego. Król Zygmunt II August wraz z Senatem przyjął z rąk nuncjusza Commendonego księgę ustaw soboru trydenckiego na sejmie w Parczewie 7 sierpnia 1564 rokuPiotr Aleksandrowicz, Przyjęcie przez króla i senat uchwał Soboru Trydenckiego w Parczewie w 1564 r., w: Prawo Kanoniczne : kwartalnik prawno-historyczny, Tom 9 (1966), Nr 3-4, s. 375-379.. Działał też ze szkodą dla Polski na korzyść Habsburgów. W czasie wizytacji kościołów polskich zwiedzał i twierdze a później w zaszyfrowanych listach przekazywał wrogom informacje o liczebności i stanie wojsk.