Aż do 1466 r. parafię obsługiwało dwóch proboszczów – jeden części św. Jakuba, drugi części św. Krzysztofa. W 1466 r., po śmierci jednego z plebanów, obydwie plebanie połączono w jedną całość, którą podniesiono do godności prepozytury, z majątku drugiego plebana uposażając kolegium mansjonarzy. Na prepozycie spoczywał, oprócz typowych dla proboszcza powinności duszpasterskich, obowiązek utrzymywania na swój koszt rektora szkoły parafialnej, organisty i wikarego. Aż do 1758 r. prawo do mianowania prepozytów przysługiwało szlachcie herbu Strzemię. Potem zostało ono przeniesione na biskupów krakowskich, a następnie na rektorów Akademii Krakowskiej. Na 29 prepozytów wybranych w latach 1466-1773 było m.in. 11 kanoników (w tym 4 prałatów), 9 proboszczów innych parafii oraz 3 profesorów Akademii Krakowskiej. Proboszczami parafii św. Jakuba byli m.in. Stanisław i Grzegorz (1325), Zbigniew z Nasiechowic (1374-1381) oraz Jan Pątnicz z Wieliczki (1432). Prepozytami byli m.in.