Superboy z kieszonkowego uniwersum Jednak po wspomnianym przełomowym crossoverze w 1986 roku Superboy pojawił się znowu. Co prawda w nowej wersji przygód Supermana autorstwa Johna Byrna człowiek ze stali w młodości nie działał jako Superboy, ale o postaci tej nie zapomniano. Początkowo Superboyem był tutaj odpowiednik Supermana z tzw. Kieszonkowego uniwersum (Pocket universe) stworzonego przez Time Trappera. Pierwszy raz pojawił się w komiksie Legion of Super-Heroes vol. 3 #23. Podobnie jak jego poprzednik współpracował on z Legionem Superbohaterów. Zginął on jednak w walce z Time Trapperem ratując odpowiednik Ziemi z kieszonkowego wszechświata przed zniszczeniemLegion of Super-Heroes vol. 3 #37-38 (1987), Superman vol. 2 #8 (1987) i Action Comics vol. 1 #591 (1987).
Kon-El Na kolejne wcielenie Superboya trzeba było zaczekać, aż do 1993 roku, kiedy to po śmierci Supermana pojawił się jego młody klon. Zadebiutował on w jubileuszowym The Adventures of Superman vol. 1 #500. Początkowo nazywany był on po prostu Superboyem, jednak później Superman nadał mu kryptońskie imię Kon-El, aby pokazać mu, że przyjmuje go do swojej rodziny. Superboy przyjął również tajną tożsamość i prywatnie uchodził za Connera Kenta, kuzyna Clarka. Jego moce nieco różniły się od mocy jego poprzedników.