W dziedzinie wewnętrznej podjął kroki mające zreformować Kurię Rzymską. Przede wszystkim zmniejszył liczbę kongregacji i wyznaczył im nowe zadania. 29 lipca 1908 wydał konstytucję Sapienti Consilio, w której zlikwidował stare urzędy i scentralizował administrację. Nadto powołał komisję kodyfikacyjną prawa kanonicznego. Efekty pracy tej komisji, w postaci Kodeksu prawa kanonicznego, ogłosił jednak dopiero jego następca Benedykt XV w 1917. W 1909 stworzył oficjalne pismo „Acta Apostolicae Sedis”, w którym ukazywały się wszystkie kolejne dokumenty papieskie. Papież dopuszczał ułatwienia Eucharystii chorym oraz tzw. wczesną komunię (dzieci w „mniej więcej siódmym roku życia”). Możliwość taką dopuścił Pius X w dekrecie Quam singulari z 1910 o Komunii świętej dzieci. Ponadto zreformował śpiewy gregoriańskie (1903) i brewiarz (1911). Przywrócił także obowiązek biskupów wizytowania Rzymu i zreorganizował Rotę Rzymską. Zachęcał do badania Pisma św. zakładając w Rzymie Papieski Instytut Biblijny. Pius X był prekursorem Akcji Katolickiej.