Tworzenie Legionu rozpoczęło się po jego formalnym ustanowieniu 1 października 1942 z siedzibą na poligonie szkoleniowym Heidelager w Pustkowie pod Dębicą na terenie Generalnego Gubernatorstwa. Jego dowódcą został obersturmbannführer SS Franz Augsberger. Wkrótce na poligon Heidelager została wysłana pierwsza grupa licząca ponad 1200 Estończyków. Wielu spośród nich służyło wcześniej na obszarze okupowanej Estonii w różnych jednostkach policji i bezpieczeństwa SS. W lutym 1943 r. został sformowany pierwszy batalion Legionu.
W marcu dowództwo niemieckie wyłączyło go ze składu macierzystej jednostki i przydzieliło do 5 Dywizji Pancernej SS „Wiking” jako Estnisches SS-Freiwilligen Panzergrenadier Bataillon „Narva”. Dalsza akcja rekrutacyjna wśród Estończyków nie przyniosła jednak spodziewanych rezultatów. W tej sytuacji Niemcy przeprowadzili pobór, który był nadzorowany przez General-Inspektion der Estnische SS Freiwilligen Legion na czele z oberführerem Waffen-SS Johannesem Soodlą. Urząd ten miał ograniczone kompetencje wobec estońskich oddziałów Waffen-SS, pełniąc głównie funkcje kulturalne, oświatowe i propagandowe.